A.D.1999，由坠落地球的「谜之战舰」(之后被称之为Macross)带来的Over Technology(オーバーテクノロジー)，揭示了人类历史和远古文明 Proto Culture (プロトカルチャー)之间的丝丝联系。促使人类终止彼此间的战争，一方面面对强大的异星人势力 Zentraedi (ゼントラーディ)和Proto Deviln(プロトデビルン)，用「文化的力量」寻找生存之道，一方面向着银河系进行移民而寻求新天地。最初的Macross，被看作改变了地球宇宙历史的「命运之船」！